Около 1732 година в храм „Св. Никола” е погребан митрополит Ефрем Самоковски, предшественик на св. свещеномъченик Симеон – митрополит Самоковски. В черквата „Св. Богородица” се пазят митрата(владишката корона), мантията, дикирите и трикирите на митрополит Ефрем.
В периода XVII – XVIII век Дупница е митрополитско седалище на Самоковска епархия, тъй като в Самоков не е имало черкви, единствено се служило в Бельовата църква, но тя била отдалечена на 3 км от града. Това е причината някои Самоковски митрополити, като Гавраил (+26 януари 1601) и Ефрем (+1730) да починат в Дупница. Тук се е намирал митрополитския дом и на свети свещеномъченик Симеон, който заема митрополитския престол на Самоковска епархия през есента на 1734 година, веднага след смъртта на своя предшественик митрополит Ефрем. В Дупница, около 20 юли 1737 година, св. Симеон е арестуван от турците, митрополитският дом е ограбен и разбит, а св. Симеон е окован и хвърлен в тъмница, където е измъчван 23 дни, след което е отведен в София, за да бъде обесен заради участието си в съпротивата срещу турците.
Самоковските митрополити резидират в Дупница до заемането на катедрата от Филотей – първия митрополит, избран от Синодалния събор на гръцката патриаршия след унищожаването на Ипекската църква, на която дотогава е подчинена Самоковската епархия. Филотей инициира построяването на владишки дом в Самоков и през 1783 г. премества седалището от Дупница.
Гробът на митрополит Ефрем в дупнишкия храм „Св. Никола” е разкриван два пъти – веднъж при престрояването на храмовата сграда през 1843 – 1844 година и след това при ремонтни дейности през 1947 година. Гробът на митрополита се е намирал „в левата страна срещу амвона непокътнат”, свидетелства записка на местния учител Христо Тодоров (ученик на Неофит Рилски и важна фигура в църковно-националното движение в рамките на Самоковска епархия). Даскал Ристо възпроизвежда и паметния строителен надпис от възобновяването на храма през 1844г., който пък е предаден за историята на Дупница от Никола Лазарков в неговите „Спомени отпреди и след Освобождението”. Според записката на Христо Тодоров Ефрем Самоковски е починал около 1756 година.
През 1947 година, когато за втори път е бил разкрит гробът на митрополит Ефрем”, е бил снижен подът на черквата със 70 см. и бил изработен от мозайка. Преди това той е бил постлан с дъски, а още по-рано е бил с плочи и тухли. Целта на тази „реставрация” била да търсят ценности, тъй като по същото време такива са открити в църквата „Св. Никола” в село Тополница. В дупнишката черква не открили нищо, с изключение на митрополитския гроб. Клисарят Георги Цръквенски, съвременник на събитието, свидетелства, че са открити част от жезъл, останки от сърма, дървен кръст и кости, не цял скелет. Потвърждава се и мястото, посочено от даскал Ристо: гробът бил изсечен в камъните пред иконостаса, срещу амвона. При същите „разкопки” е открит и друг гроб с цял скелет, намирал се е пред северната стена отвътре. Събрали кокалите в един книжен чувал и ги захвърлили в камбанарията, където се намират и до момента. Предполага се, че това са костите на ктитора на храма йеромонах Георгий, но не е изключено в същия чувал да са събрани и останки от скелета на Ефрем – митрополит Самоковски.
Мнозина дупничани и някои местни свещеници наричат сградата срещу храм „Св. Никола” в Дупница „Владишкото” заради мит, че е служила за владишки дом. Владиците обаче са живели в къща в Горна махала, наричали я „Владики конака”. След преместването на седалището в Самоков, във Владики конака митрополитите отсядали при честите си посещения в Дупница и при обходите си из епархията. Сградата срещу храм „Св. Никола” е служила единствено за клисарница, сочат историческите източници.
